Среди российских научных учреждений - пользователей ОФЭРНиО - присутствуют научные учреждения РАН, РАСХН, РАМН, РАО:

1. ГНУ Всероссийский научно-исследовательский институт защиты растений Российской академии сельскохозяйственных наук
2. ГНУ Смоленский НИИ сельского хозяйства Россельхозакадемии
3. Государственное научное учреждение Северо-Западный научно-исследовательский институт механизации и электрификации сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук
4. Институт космофизических исследований и распространения радиоволн Дальневосточного отделения Российской академии наук
5. Омский филиал Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института математики им. С.Л. Соболева Сибирского отделения Российской академии наук
6. Учреждение Российской академии наук Институт информатики и математического моделирования Кольского научного центра РАН
7. Учреждение Российской академии наук Институт космофизических исследований и распространения радиоволн Дальневосточного отделения РАН
8. Учреждение Российской академии наук Институт прикладной математики Дальневосточного отделения РАН
9. Учреждение Российской академии наук Институт физики прочности и материаловедения Сибирского отделения РАН
10. Учреждение Российской академии наук Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации РАН
11. Учреждение Российской академии образования Институт информатизации образования
12. Учреждение Российской академии образования Институт социологии образования
13. ФГУ Государственный научно-исследовательский испытательный институт военной медицины
14. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт прикладной математики Дальневосточного отделения РАН
15. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт информатики и математического моделирования Кольского научного центра Российской академии наук
16. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт информатики и математического моделирования технологических процессов Кольского научного центра Российской академии наук
17. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт космофизических исследований и распространения радиоволн Дальневосточного отделения Российской академии наук
18. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт математики им. С.Л. Соболева Сибирского отделения Российской академии наук
19. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт оптики атмосферы им. В.Е. Зуева Сибирского отделения Российской академии наук
20. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Санкт-Петербургский институт информатики и автоматизации Российской академии наук
21. Федеральное государственное научное учреждение Институт научной и педагогической информации Российской академии образования
22. Федеральное государственное унитарное предприятие «Государственный научно-исследовательский институт органической химии и технологии»