Вопрос:"...можно ли указывать две организации в графе
"организация-разработчик", если министерство одно?"

Ответ: "Да, можно указывать две организации, участвовавшие в разработке данного результата интеллектуальной деятельности. На свидетельстве также будут указаны две организации."