Вопрос: "...когда doi будет присвоен, нам нужно будет в документ вручную внести до того, как будут его подписывать?"

Ответ: "doi появляется, когда РТО размещено на портале (в состав doi входит ссылка на РТО на портале ОФЭРНиО). А РТО на портале размещается по итогам регистрации ЭОР. А регистрация ЭОР осуществляется на основании заранее оформленных документов. Поэтому doi ПОКА находит отражение в издании "Хроники". В будущем, в новой версии портала (2019г.) DOI будет видно в открытой базе данных ОФЭРНиО.