Вопрос: "Система Антиплагиат ссылается на нашу же работу более раннюю в виде публикации 2016 года. если добавим две ссылки на литературу в РТО - так подойдет?

Перефразировать конечно можно, но хотелось бы этого избежать.
Ответ: "ОФЭРНиО регистрирует разработки, отвечающие требованиям новизны на момент регистрации. Разработка, отвечающая требованиям новизны, НЕ МОЖЕТ описываться документом, имеющим низкий процент оригинальности. Важно, чтобы оригинальность РТО была выше 70%.