Вопрос: "Главный бухгалтер просит АКТ и Счет-фактуру до завершения работ по договору, для оплаты регистрации электронного ресурса".

Ответ: "Да, мы знаем, что бюджетные организации без АКТа не могут оплатить авансом сразу 100%. Однако бюджетные организации могут оплачивать частями (см. Постановление Правительства от 09.12.2017 № 1496 пункт 18):
Оплата авансом возможна:
" ... в размере, не превышающем 30 процентов суммы договора ..."
https://base.garant.ru/71830028/#friends
Поэтому в Договоре предусмотрено специальное положение на этот случай:
4.5. Заказчик производит оплату услуг, после получения от Исполнителя уведомления о допуске, в соответствии с действующим порядком. Допускается оплата Услуг по частям: 30 % от стоимости услуг после получения Заказчиком от Исполнителя информации о допуске к регистрации в течение 14 рабочих дней, 70 % от стоимости услуг после подписания Акта приема-сдачи услуг (Приложение № 2) в течение 14 рабочих дней.. В обычном режиме, мы готовим АКТ и СЧФ только после поступления 1-ой оплаты (30%), чтобы избежать рисков судебных споров, после выписки СЧФ.