Вопрос: "могут ли авторы программ сами зарегистрировать их самостоятельно, без нашего участия и соответственно подписей ректора и т.п.?"

Ответ: "Могут. Через какое-либо отделение ОФЭРНиО: оригинальное или специализированное. Проще всего - через головное отделение ОФЭРНиО (Москва)."